□ 시스템 생물학 연구의 기본요소 1: 데이터 획득
시스템 생물학 연구의 출발점은 데이터 획득이다. 여기서 필요한 데이터는 정량적인 것이다. 기존의 정성적인 기술(記述)에서 벗어나 생물학적 현상을 모델링하고 시뮬레이션하는 데 사용할 수 있는 데이터가 요구되는 것이다.
예컨대 한 세포내 어떤 부분이나 세포 전체에 존재하는 특정 분자의 수나 농도, 생물학적 반응속도, 상호작용시의 친화도 또는 해리도 등이 여기에 포함된다. 또 이런 데이터는 개별 생물시스템의 특정 상태을 반영하는 것이 아니라 유전적 구성이 동일한 개체 사이의 변이, 상이한 생리학적 상태에 대한 의존성, 그리고 시간적 추이 등도 고려해야 한다.
물론 이 데이터 획득에서 결정적인 요인은 데이터의 질(quality)이다. 실험 데이터라 하더라도 모델 개발에 사용되어야 하기 때문에 결국 데이터 획득과정과 모델 개발과정은 병렬적으로, 그리고 인터액티브하게 수행되어야 한다.
또 다양한 상태의 생물시스템에 대해 서로 다른 복잡성 수준에서 여러 연구팀이 생산한 생물학적 데이터는 반드시 상호비교가 가능해야 한다. 이를 위해서는 표준적인 데이터 획득방법이 필요하다. 이는 사용하는 방법론에만 해당되는 것이 아니라 나온 데이터의 질에도 마찬가지로 적용되어야 한다.
획득된 데이터를 시스템 생물학에서 사용하려면 이것들을 데이터뱅크화해야 한다. 게놈염기서열 해독작업과 함께 가령 게놈염기서열은 물론 단백질 아미노산 서열에 이르기까지 이미 많은 데이터뱅크들이 개발되었다.
그러나 시스템 생물학는 이와는 다른 새로운 데이터뱅크를 요구하고 있다. 단백질끼리의 또는 단백질과 DNA사이의 상호작용과 신진대사 경로나 유전자표현형에 대한 정보 등을 담고 있는 데이터뱅크가 필요한 것이다. 또 특히 정량적인 데이텅 적합한 데이터뱅크 포맷이 개발되어야 한다. 이 때에도 표준화는 매우 중요한 역할을 한다.
출처: http://www.bmbf.de/pub/systembiologie.pdf
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